גורל עדת ישראל לא היה שונה מגורל שאר הקהילות היהודיות בגרמניה. בדצמבר 1939, לאחר אינספור אירועים מקדימים של רדיפה ורמיסת זכויות, ציווה הגסטפו על חיסול עדת ישראל כגוף עצמאי והכללתה ב”אגודת היהודים בגרמניה,” ארגון- גג שהוקם על ידי הנאצים. כך נגזלו מעדת ישראל גם זכויותיה המשפטיות וגם כל אתריה.